1999 wurde zwischen der SPÖ (Wissenschaftsminister Einem) und der ÖVP (Unterrichtministerin Gehrer) vereinbart und im Akademiestudiengesetz 1999 festgelegt:
„§ 1 Abs.1: Der Bund wird innerhalb von acht Jahren hochschulische Einrichtungen für die Ausbildung der Pflichtschullehrer (Hochschulen für pädagogische Berufe) schaffen. ... Die erforderlichen organisationsrechtlichen und studienrechtlichen Regelungen an diesen hochschulischen Einrichtungen sind entsprechend den für Hochschulen und Universitäten üblichen Standards auszuführen.
Abs. 2: Das Zusammenwirken von Forschung und Lehre ist sicherzustellen. Die Studienabschlüsse an diesen hochschulischen Einrichtungen sind akademische Grade. Im Fall der Einführung eines dreigliedrigen Studiensystems an den Universitäten ist darauf zu achten, dass die Studienabschlüsse in diesem System kompatible akademische Grade sind."
Da dieses Gesetz vor Einführung der „Bologna"-Struktur an den Universitäten und Hochschulen beschlossen wurde, konnte mit dem intendierten akademischen Grad nur der Magister-Grad gemeint sein, wie er an den Universitäten für den Abschluss der Lehramtsstudien vorgesehen war. Für den Fall der „Einführung des dreigliedrigen Studiensystems" wurde die Kompatibilität der Grade vorgesehen. Dem Magister-Abschluss entspricht nun der „Master"-Grad. An die Stelle der Gliederung der Diplomstudien in zwei Studienabschnitte, die jeder mit einer Diplomprüfung abzuschließen waren, tritt nun die „Bachelor"-Graduierung nach einem sechssemestrigen Studium und das darauf aufbauende postgraduale „Master"-Studium.
Die Absichten des Akademiestudiengesetzes 1999 zur Reform der Pflichtschullehrerbildung wurden im „Gesetz über die Organisation der Pädagogischen Hochschulen und ihrer Studien (Hochschulgesetz 2005)" klar verfehlt. Dies soll im Vergleich mit den Fachhochschulen (Bundesgesetz über Fachhochschulstudiengänge - Fachhochschulstudiengesetz - FHStG 1993) verdeutlicht werden.
Fachhochschulen haben eine hochschuladäquate Verwaltungsstruktur. Sie verfügen über ein Hochschulkollegium (§ 16 FHStG), welches neben der Mitwirkung bei der Gestaltung der Studiengänge und der Einstellung von Lehrpersonal über das Recht der Wahl des Leiters der Hochschule aus einem Dreiervorschlag des Erhalters der Fachhochschule verfügt.
Die Pädagogischen Hochschulen werden durch einen politisch zusammengesetzten Hochschulrat gesteuert, welcher u.a. einen Dreiervorschlag für die Bestellung des Rektors durch den zuständigen Minister erstellt. Eine bereits mehrfach diskutierte Folge: Der Bundesministerin Gehrer ist die „Umfärbelung" der Hochschulleitungen gelungen, alle Rektoren wurden „geschwärzt".
Fachhochschulen verfügen über ein Instrument der Qualitätssicherung der Studien und Abschlüsse auf Hochschulniveau, welches indirekt auch die Forschungs- und Lehrfreiheit sicherstellt. Der Fachhochschulrat (vgl. § 6 FHStG), der sich zur Hälfte aus Mitgliedern mit universitärer Lehrbefugnis (Habilitation) zusammensetzt, akkredidiert (approbiert) die Curricula der Studiengänge, die von Gremien der Fachhochschulen (bzw. der Träger der Fachhochschulstudiengänge) unter Mitwirkung von mindestens zwei einschlägig habilitierten Mitgliedern erarbeitet werden (vgl. § 12 Abs. 3 FHStG) und denen eine hochschuladäquate Autonomie eingeräumt werden muss (vgl. § 12 Abs.1 Z 5 FHStG).
Der Fachhochschulrat verleiht auch die akademischen Grade (vgl. § 5 FHStG), solange nicht dem Träger der Studiengänge nicht der Fachhochschulstatus vom Fachhochschulrat zugesprochen wurde. Dann wandert diese Kompetenz zum Hochschulkollegium.
Die Curricula aller Studiengänge einer Pädagogischen Hochschule werden von einer Studienkommission erstellt und verordnet, die sich nur aus Mitgliedern der bisherigen Pädagogischen Akademien zusammensetzt. Die Curricula werden vom Unterrichtsministerium geprüft. Die Mitwirkung von Experten mit universitärer Lehrbefugnis (Habilitation) ist nicht vorgesehen. Auch im Lehrkörper (vgl. § 18 Hochschulgesetz 2005) ist eine solche Personengruppe als konstitutives Element des Hochschulstatus nicht vorgesehen, obwohl dies beispielsweise von der Planungs- und Evaluierungskommission (PEK), welche mit der Vorbereitung der Hochschulen für pädagogische Berufe betraut war, ausdrücklich gefordert worden war.
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Fachhochschulen bieten in ihren Studien ein Professionalisierungskontinuum vom „Bachelor"- zum „Master"- Studium an, dessen Abschluss zur Aufnahme eines facheinschlägigen Doktoratsstudiums an der Universität berechtigt. War ursprünglich nur ein Diplomstudium mit Magister-Graduierung vorgesehen, wurden nach Einführung des dreigliedrigen Universitätsstudiums auch an den Fachhochschulen die Diplomstudien von der Gliederung in Bachelor- und Master-Studium abgelöst (vgl. 4. FHStG-Novelle 2002). Bachelor-Studien dürfen nur mehr in Verbindung mit Master-Studien eingerichtet werden (vgl. § 3 Abs. 2a FHStG).
Die Pädagogischen Hochschulen bieten in der Lehrerbildung nur Bachelor-Studiengänge an, welche mit der Graduierung zum „Bachelor of Education" abgeschlossen werden. Ein weiterführendes Master-Studium ist nicht vorgesehen. Im Vergleich zu allen anderen akademischen Berufsbereichen stellt diese Regelung eine negative Diskriminierung und damit eine gesellschaftliche Benachteiligung der Pflichtschullehrer dar. Eine Anerkennung des Grades des „Bachelor of Education" als Voraussetzung zur Aufnahme eines Masterstudiums an den Universitäten ist bisher nicht erfolgt. Insbesondere im Hinblick auf den Eintritt in das universitäre Lehramtsstudium, dessen Novellierung im Sinne der „Bologna"-Struktur bevorsteht, wäre dies von besonderer Bedeutung.
Die Einführung der Bezeichnung „Rektoren" für die Leiter der Pädagogischen Hochschulen (seit der 5. FHStH-Novelle 2003 auch an den Fachhochschulen möglich) und deren feierliche „Inaugurationen" sowie die häufig überdimensionierte Einführung von „Instituten" und die englische Bezeichnung „University of Education" können die genannten Defizite leider nicht wettmachen.